1、開機設定參數（檢測波長、流速），更換所需流動相，檢查色譜柱是否正確。
2、排液置換管路中流動相，沖洗進樣閥，洗好進樣針。
3、沖洗色譜柱進行平衡，其間可提前進行樣品的處理，樣品信息的注冊。
4、平衡好以后進空白試驗，排除系統污染。
5、柱子穩定好以后進樣，等待運行結束（其間清洗進樣針），積分計算，出具報告。
詳細操作步驟如下：
1、 開機操作：
（1）、打開電源，用Harb相連接時，注意Harb電源，打開計算機，打開Bootp Server（一般啟動時已打開）；
（2）、自上而下打開個組件電源，Bootp Server里顯示有信號時（有六行字符），打開工作站（先打開On line）；
（3）、打開沖洗泵頭的10％異丙醇溶液的開關（需用針捅抽），控制流量大小，以能流出的最小流量為準；
（4）、注意各流動相所剩溶液的容積設定，若設定的容積低于最低限會自動停泵，注意洗泵溶液的體積，及時加液；
（5）、使用過程中要經常觀察儀器工作狀態，及時正確處理各種突發事件。
2、 先以所用流動相沖洗系統一定時間（如所用流動相為含鹽流動相，必須先用水沖洗20分鐘以上再換上含鹽流動相），正式進樣分析前30min 左右開啟D燈或W燈，以延長燈的使用壽命；
3、 建立色譜操作方法，注意保存為自己命名的Method，勿覆蓋或刪除他人的方法及實驗結果；
4、 使用手動進樣器進樣時，在進樣前和進樣后都需用洗針液洗凈進樣針筒，洗針液一般選擇與樣品液一致的溶劑，進樣前必須用樣品液清洗進樣針筒3遍以上，并排除針筒中的氣泡；
5、 溶劑瓶中的沙芯過濾頭容易破碎，在更換流動相時注意保護，當發現過濾頭變臟或長菌時，不可用超聲洗滌，可用5%稀硝酸溶液浸泡后再洗滌；
6、 實驗結束后，一般先用水或低濃度甲醇水溶液沖洗整個管路30分鐘以上，再用甲醇沖洗。沖洗過程中關閉D燈、W燈；
7、 關機時，先關閉泵、檢測器等，再關閉工作站，然后關機，最后自下而上關閉色譜儀各組件，關閉洗泵溶液的開關；
8、 使用者須認真履行儀器使用登記制度，不要擅自拆卸儀器。
流動相：
1、 流動相應選用色譜純試劑、高純水或雙蒸水，酸堿液及緩沖液需經過濾后使用，過濾時注意區分水系膜和油系膜的使用范圍；
2、 水相流動相需經常更換（一般不超過2天），防止長菌變質；
3、 使用雙泵時，A、B、C、D四相中，若所用流動相中有含鹽流動相，則A、D（進液口位于混合器下方）放置含鹽流動相，B、C（進液口位于混合器上方）放置不含鹽流動相；
A、B、C、D四個儲液器中其中一個為棕色瓶，用于存放水相流動相。
樣品：
1、 采用過濾或離心方法處理樣品，確保樣品中不含固體顆粒；
2、 用流動相或比流動相弱（若為反相柱，則極性比流動相大；若為正相柱，則極性比流動相?。┑娜軇┲苽錁悠啡芤?，盡量用流動相制備樣品液；
手動進樣時，進樣量盡量小，使用定量管定量時，進樣體積應為定量管的3～5倍；
色譜柱：
1、 使用前仔細閱讀色譜柱附帶的說明書，注意適用范圍，如pH值范圍、流動相類型等；
2、 使用符合要求的流動相；
3、 使用保護柱；
4、 如所用流動相為含鹽流動相，反相色譜柱使用后，先用水或低濃度甲醇水（如5％甲醇水溶液），再用甲醇沖洗。
5、 色譜柱在不使用時，應用甲醇沖洗，取下后緊密封閉兩端保存；
6、 不要高壓沖洗柱子；
7、 不要在高溫下長時間使用硅膠鍵合相色譜柱；